“三自愛國運動”是指中國基督教在新中國成立后，為擺脫以往教會的半殖民地洋教形象，實現自治、自養、自傳，團結全國信眾積極參加國家建設的一項愛國愛教的運動。
當西方殖民主義、帝國主義列強侵入舊中國時，一些海外傳教組織也隨之進入，“傳福音”、“建立教會”等等也成為西方列強手中的工具，在教會和人民群眾之間造成對立，這引起中國教會一批愛國基督徒的不滿。
19世紀70年代起，就不斷有愛國基督徒主張獨立自主，自辦教會，甚至出現過全國性的自立教會組織，但因當時的情勢，規模不大，存在的時間也不長。
新中國成立后,在吳耀宗倡導下，1950年7月，基督教界在光明日報上發表了《中國基督教在新中國建設中努力的途徑》宣言，指出在基督教傳入中國后的140年間,基督教同帝國主義"在有意無意、有形無形之中發生了關系"，號召信眾擁護《中國人民政治協商會議共同綱領》，反對帝國主義、封建主義和官僚資本主義，為建立一個獨立、民主、和平、統一和富強的新中國而奮斗。
宣言號召“促成一個中國人自己所主持的中國教會”，為此，要“培養一般信徒愛國民主的精神和自尊自信的心理”。宣言發表后，迅速獲得全國教徒的熱烈響應。至1954年，簽名擁護宣言的教徒已達40萬人以上，幾占當時全國基督徒人數的三分之二。
朝鮮戰爭爆發后，美國政府對中國實行經濟封鎖。當時仍需依賴美國差會款項來維持的中國教會受到嚴重影響。國內各地教會的代表發表《聯合宣言》，譴責美國的侵略行徑，號召中國的基督徒要發揚愛國主義精神，積極參加抗美援朝運動，充分認識帝國主義利用基督教進行侵略的歷史事實，加速實現中國教會自治、自養、自傳。隨后，成立了以吳耀宗為主席的中國基督教抗美援朝、三自革新運動委員會籌備委員會。
1954年，第一屆中國基督教全國會議在北京舉行。為進一步實現中國基督教在愛國愛教基礎上的大團結，會議重申三自運動尊重各派的信仰和禮儀，并正式成立中國基督教三自愛國運動委員會。吳耀宗當選為主席。
1961年在上海舉行第二屆中國基督教全國會議，號召全國信眾積極參加社會主義建設事業，并辦好教會。吳耀宗再次當選為中國基督教三自愛國運動委員會主席。
1980年在南京舉行第三屆中國基督教全國會議。會議肯定了30年來三自愛國運動的成績，并指出：三自愛國運動的創業階段已經過去，但三自的任務未了，基督教界人士和教徒應進行以加深對三自的認識為內容的再教育，同時要從自辦教會發展到辦好教會。會上成立了新的全國性教務機構──中國基督教協會。
中國基督教三自愛國運動委員會同中國基督教協會本著獨立自主、自辦教會的方針，不斷向前發展。教牧人員全由中國人擔任，教會行政事務由中國教會自主管理,經濟也由中國教會自己維持;在神學思想和崇拜禮儀上，也逐步形成基督教中國化的發展道路。全國有25個省、直轄市、自治區先后成立了基督教三自愛國運動委員會和教務機構。除金陵協和神學院外，還新設立了一批地方性的神學院校，印行國內多種民族文字的《圣經》及各種基督教書刊。此外，應在互相尊重和平等的基礎上進行對外交流。
中國基督教三自愛國運動的重要成果，是結束了宗派林立，互相對峙的局面。《中國基督教協會章程》規定“本會高舉耶穌基督并他釘十字架，聯合全國各地教會連于元首基督，共同發揚基督肢體的作用，建立基督的身體，為福音作美好的見證；積極開展神學思想建設；為全國各地教會在圣工上提供服務；堅持聯合禮拜，并主張在信仰觀點和禮儀上互相尊重，在眾肢體間的關系上用愛心互相寬容，用和平彼此聯絡，竭力保守圣靈所賜合而為一的心”。從而使中國教會并非是清一色而是多色彩的，同時有利于實現教會的團結合一。
隨著中國教會的發展，以及諸多的美好見證，已有越來越來的人士表示支持中國教會的“三自“原則，中國教會以獨立自主的姿態出現在普世教會之中，獲得普遍的尊重。